《新宿之狼》以重現真實東京新宿的街景為舞台，玩家將扮演獨來獨往的孤狼刑警三上英二，為了維護新宿的治安，將以拳頭與手槍來取締非作歹的不良分子，並貫徹自由心證的“我就是法律”理念隨心所欲的制裁惡人。

　　故事敘述不夜街「新宿」存在著一名以自己的法律來制裁惡人的刑警三上英二，畏懼他的人們於是給他起了個「新宿之狼」的外號。某日新宿某地發生了手槍販子重要關係人馬克被人刺殺的案件，根據警方的調查，有 7 隻手槍從該名手槍販子手中流出。

　　為了及早追回流落市面的手槍，三上等新宿中央警局的刑警們於是全面出動。持有手槍的，是形形色色立場與人種各不相同的人們。究竟他們是為了什麼樣的原因而需要手槍這樣的凶器？透過這 7 把手槍，模糊的照映出了新宿這個街道的輪廓...

　　遊戲中玩家將操作三上英二，在參照真實新宿街景所建構的遊戲舞台中，以調查 7 把手槍下落的故事劇情為主線展開冒險，並穿插以鐵拳制裁犯罪組織成員，透過臨檢盤查從人群中揪出不良分子，以及接獲局裡連絡趕赴犯罪現場處理案件等支線橋段。

　　身為新宿之狼的三上，能發動無視法規的「我就是法律」系統，不需要法官或陪審團就能對嫌犯進行制裁。制裁的方式包括送往拘留所、易科罰金或無罪釋放。發動「我就是法律」需要足夠的氣力，因此老菸槍的三上必須透過吸菸的方式來補充氣力。不過大搖大擺吸菸的時代已經過去，身處現代的三上也必須遵守規定，在特定的吸菸區吸菸。