《沉默的艦隊》故事描述一艘隸屬美軍第七機動艦隊的核能潛艦海蝙蝠號，在首度潛航測試中向隨行的美軍潛水艦隊發動攻擊後消失於小笠原海域。據未經證實消息顯示，海蝙蝠號為美日聯命建造，且配備大量核武，軍方此舉已明顯抵觸日本憲法所規定非反核三原則；此外，艦上乘員為原日本海上自衛隊潛艦山波號的官兵所編成，海蝙蝠號叛逃的意圖及動向備受關係。

 

　　而本次是以今年秋季在日本上映的同作改編真人版電影《沉默的艦隊》為基礎，本次的影集前半為電影的完全版，內容將加入未公開過的橋段，會有更多聚焦在各個角色的劇情。而從影集的後半第 5 集開始至第 8 集，則是接續電影版結束後的故事，描繪由海江田四郎所率領的獨立國家「大和」與日本政府、美國政府之間一觸即發的緊張關係。